Resumen:
La metagenómica es una nueva tecnología de la ciencia del sistema ómico, además
tiene amplias aplicaciones. El objetivo de este estudio es identificar el polimorfismo
de nucleótido simple (SNP) en el gen cárnico, Diacylglycerol Acyltransferase
(DGATP), gen responsable de la conformidad cárnica en caprinos. Por otro lado, la
identificación del micriobioma intestinal de cabras y cabritos alimentados con dietas
basadas en salicornia y cactus; utilizando la técnica de Secuenciación de próxima
generación(NGS). El primer componente se trabajó con 70 animales, las muestras
de sangre fueron tomadas de la vena yugular posteriormente se realizó la
extracción de ADN, seguido de la reacción en cadena de la polimerasa con primers
específicos para el gen DGATP; luego el NGS para la identificación de SPNs,
utilizando la plataforma online CRISPRESSO 2. El segundo componente se trabajó
con tres tratamientos, cada uno conformado por dos animales (cabra y cabrito);
estos fueron alimentados 30 días con cactus, salicornia y alimento tradicional, se
realizó la extracción del ADN metagenómico a partir de muestras de heces,
utilizando el kit Quick-DNA TM Fecal/Soil Microbe Miniprep. La secuencia NGS fue
procesada con el software bioinformático QIIME versión 1.9.1. Lográndose
identificar 13 lecturas con variación A/G en la secuencia CCCAGGAA en hembras
y 24 lecturas con la misma variación en machos. Por otra parte en el análisis
metagenómico de la microbiota intestinal se logró identificar a nivel de Phylum a
Firmicutes, y a nivel de Orden Clostridiales con una abundancia de 62.5% y 60.8%
respectivamente en cabritos alimentados con cactus; a nivel de Genero
Ruminococcaceae en cabras alimentados con salicornia. Nuestros resultados
indican que la técnica NGS, es una alternativa para identificación de SNP, así como
también la caracterización taxonómica y funcional de las comunidades microbianas
en la ganadería caprina.
